آقای خاتمی در مورد مخالفت ها با نتایج اعلام شده انتخابات ریاست جمهوری ایران گفت: "در هر انتخاباتی اعتراض هست که این اعتراضات از مجاری قانونی دنبال می شود. بنابراین ما حق اعتراض را حق قانونی می دانیم، اما از مجرای قانونی خودش".

او گفت که شورای نگهبان آماده است به این اعتراض ها رسیدگی کند.

معترضان می گویند شورای نگهبان بی طرف نیست و نمی توانند به این شورا اعتماد کنند.

احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، محمد یزدی، عضو فقها و غلامحسین الهام، عضو حقوقدانان این شورا از حامیان سرشناس محمود احمدی نژاد محسوب می شوند که توسط وزارت کشور ایران برنده انتخابات ریاست جمهوری اعلام شده است.

میرحسین موسوی و مهدی کروبی خواستار ابطال انتخابات و برگزرای مجدد آن هستند. کمیته صیانت از آرای آقای موسوی همچنین پیشنهاد کرده است که یک کمیته حقیقت یاب از افراد بی طرف برای بررسی وضعیت برگزاری انتخابات تشکیل شود.

اما امام جمعه موقت تهران گفته است: "کسانی که بر طبل ابطال انتخابات می کوبند بدانند که نتیجه نخواهد داد".

آقای خاتمی همچنین گفته است: "این که کسانی بگویند (برای بررسی موضوع انتخابات) شورایی ترتیب داده شود از شخصیت های حقیقی و حقوقی، بدعتی بسیار غلط است که عواقب پیش بینی ناپذیری خواهد داشت".

او در مورد کشته شدن ندا آقا سلطان در روز شنبه ۳۰ خرداد که تصاویر ویدیویی آن در اینترنت منتشر شد و او را به نوعی نماد اعتراضات اخیر ایران تبدیل کرد، گفت: "هر عاقلی که این فیلم را ببیند، می فهمد که کار، کار خود اغتشاش گران و آشوب طلبان است. اگر کار، کار خودشان نبود چطور امده از جایی که این خانم ماشینش را پارک کرده، عکسش را گرفته است. معلوم می شود از پیش تنظیم شده بود".

آقای خاتمی گفت "اغتشاش گران" می خواسته اند که چنین صحنه ای را بیافرینند.

او افزود: "این خانم در یک کوچه خلوت بوده. اگر نظام بخواهد برخورد کند، خب در خیابان برخورد می کند. چرا در کوچه؟ در کوچه خلوت دستگیر می کنند، نمی کشند".